16S rRNA 為原核生物核糖體小亞基的重要組成，序列包含數個保守區域和 9 個高變區域，其中高變區具有屬或種的特異性，被認為是最適於細菌系統發育和分類鑑定的指標。因此利用 NGS 次世代定序技術對該區域中的序列進行定序已是研究環境微生物多樣性及群落組成差異的重要策略之一。