SNP / 單核苷酸多態性分析

說明

DNA 甲基化研究是表觀遺傳學的重要內容，真核生物中的甲基化僅發生於胞嘧啶（Cytosine），即在 DNA 甲基化轉移酶的作用下使 CpG 二核苷酸5'- 端的胞嘧啶（Cytosine）轉變為 5'- 甲基胞嘧啶。DNA 甲基化通常抑制基因表達，去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。這種 DNA 修飾的方式在脊椎動物的胚胎發育過程中參與重要的調控作用，以及多種疾病包括各種腫瘤的發病機轉，是目前表觀遺傳學研究的熱點。

Bisulfite法原理

用亞硫酸氫鹽（Bisulfite）處理基因組 DNA，則未發生甲基化的胞嘧啶（Cytosine）被轉化為尿嘧啶（Uracil），而發生甲基化的胞嘧啶不變。根據某一待測位點或者調查的某一區域序列設計引物進行 PCR 擴增，通過 PCR 電泳、定序、螢光定量及質譜等方法對擴增產物進行檢測，根據檢測結果分析哪些位點發生了甲基化及其甲基化的頻率。

亞硫酸氫鹽定序法（Bisulfite sequencing PCR, BSP）：

用亞硫酸氫鹽處理基因組 DNA，未發生甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變。針對要調查的區域設計 BSP 引物進行PCR 擴增，對擴增產物進行定序就可以判斷哪些 CpG 位點發生了甲基化；一般將 PCR 產物克隆後進行定序成功率會比較高，再對目標克隆進行篩選。

實驗流程

1.  BSP 引物設計：針對感興趣的基因區域進行 BSP 引子的設計（一般擴增產物不超過 300bp）。

2.  亞硫酸氫鹽處理基因組 DNA：純化基因組 DNA 並進行亞硫酸氫鹽的轉化。

3.   PCR 擴增目的片段：BSP 引子擴增感興趣的區域。

4. 克隆到載體：將 PCR 產物純化後連接到載體上。

5.  克隆定序：挑取陽性菌斑，純化質粒並定序。

6.  序列分析：對定序的結果進行比對和甲基化分析（10個克隆）。

客戶提供

n   要研究的基因名稱、種屬

n   要研究的甲基化區域或位點

n   樣本檢體

送樣要求

n   樣品要求：細胞≥105 個；組織≥100mg，黃豆大小；全血≥0.5ml；基因組 DNA ≥5ug

n   所有樣品建議低溫運送

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