10X Genomics Single Cell Fixed RNA Profiling
細胞 / 組織經過 Paraformaldehyde 固定,鎖定 RNA 的表現狀態,不僅得以保留脆弱或是動態變化較為快速的細胞類型,也提供挑選後續上機樣品的彈性,多個時間點或是採集地點的樣品也能集中處理,降低批次效應帶來的影響,自此樣品製備不再受限於時間及地點。
搭配 10x Genomics Chromium X 平台將細胞簡易處理即可上機定序,擴展技術應用的範圍,為單細胞 RNA 定序技術的未來創造更多的可能性。(目前僅適用於人類及小鼠)。
技術原理
固定後的細胞在上機包裹前,會先與高靈敏度的探針套組反應,確保最大程度覆蓋目標的人類 / 小鼠基因,在探針套組上也帶有 Barcode 序列,最多可以混合 16 個樣品在一個反應上機,能夠提升樣品上機的細胞數並降低實驗成本。
使用 Chromium Single Cell Gene Expression,結合 10x Genomics 獨家專利GemCode™ 油滴微珠技術區分單一細胞,並將帶有特定 Barcode 序列的微珠一同全數包入 Droplet 內,完成反轉錄即可接續擴增建庫流程,搭配使用NovaSeq 6000, paired-end 150 bp。
分析流程